第一部分：生產過程監測控制

規定了農作物、經濟樹木（包括干果、水果等）、食用菌、野生植物、畜禽（包括蜂、蠶等）、水產及其未加工產品的生態生產通用規定和要求。適用于農產品生態生產的全過程，主要包括：作物種植、食用菌栽培、畜禽養殖、水產養殖及其產品的生產、收獲后處理、包裝、貯藏和運輸。

第二部分：加工質量安全保障

規定了生態農產品加工質量保障技術規范和要求。適用于以按生態農業產品生產過程監測控制生產的未加工產品為原料進行加工及包裝、貯藏和運輸的全過程，包括食品、飼料、工業原料和中藥材。

第三部分：質量安全監控體系

規定了生態農業產品生產加工經營過程中的質量安全規范和要求。適用于生態農業產品生產、加工、經營者。

第四部分：標識使用規范管理

規定了生態農產品標識和規范管理規范及要求。適用于按生態農業產品生產過程控制和生態農業產品加工質量保障并獲得評審認定的產品標識和規范管理。